No contexto clínico, o psicoterapeuta comportamental utiliza como principal ferramenta a análise funcional - técnica que consiste em investigar três coisas importantes: o que acontece antes de um comportamento surgir, o próprio comportamento em si e as consequências que ele traz. 

Paralelamente, o trabalho clínico visa: (1) desenvolver novos comportamento e habilidades, (2) promover autoconhecimento, e (3) fortalecer o bem-estar e autonomia do cliente, por meio de intervenções que o conectem com seus valores pessoais.

Vale destacar que a Análise do Comportamento Aplicada à clínica tem expandido seu escopo, integrando-se com outras terapias modernas baseadas em evidências — particularmente as Terapias Contextuais, como a ACT (que trabalha aceitação e valores), a DBT (que foca em regulação emocional) e a FAP (que enfatiza a compaixão e a conexão entre paciente-terapeuta).